Podstawą badań partycypacyjnych z dziećmi jest założenie, że najmłodsi nie są biernymi uczestnikami procesu socjalizacji (uspołecznienia), ale aktywnymi członkami społeczeństwa współtworzącymi je tak samo, jak dorośli.
Także ich rola w procesie badawczym nie jest bierna, lecz aktywna; są one jego współuczestnikami i współtwórcami. Takie relacje wymagają od badaczy innego niż w tradycyjnych badaniach podejścia: „zaangażowanie w badania z dziećmi, nie nad dziećmi, o dzieciach czy bez dzieci, wymaga rozważenia wielu kwestii teoretycznych, metodologicznych i etycznych” (O’Kane 2008).
Istotny jest taki dobór metod badawczych, żeby jak najlepiej zrozumieć i opisać punkt widzenia dzieci. Metody muszą uwzględniać specyfikę percepcji i ekspresji najmłodszych uczestników badań: muszą oni rozumieć, na czym polega badanie, i być w stanie wyrazić adekwatnie swoje opinie. Opinie te muszą zostać właściwie opisane i przedstawione przez badaczy. Należy umożliwić dzieciom zapoznanie się z wynikami badania i ustosunkowanie się do nich.
Każdorazowo badanie wymaga głębokiego namysłu i doboru odpowiednich narzędzi badawczych. Metodologie o ustalonej renomie, którymi można się wspierać, to:
Participatory Rural Appraisal – zespół założeń metodologicznych opartych na paradygmacie konstruktywistycznym. Charakteryzuje je brak dążenia do linearnego opisu rzeczywistości, poszukiwanie zróżnicowań i złożoności badanej społeczności, wspieranie lokalnych innowacji, interaktywna analiza i dialog, wsparcie dla przyszłych aktywności (O’Kane 2008). Metody oparte są na angażowaniu w działania do wykonania.
Metoda mozaikowa – metoda szeroko stosowana przez badaczy zwłaszcza najmłodszych dzieci. Opisana m.in. w „Listening to children – mosaic approach” (Clark i Moss 2001). Zwraca się w niej uwagę na tworzenie znaczeń, a nie odnajdywanie faktów. Angażuje się w zadania, podważa prymat komunikacji werbalnej (Gallaher i Gallagher 2008). Jeśli bowiem zbyt wielką wagę przywiązuje sie do danych werbalnych, wyklucza się dzieci niewładające jeszcze wystarczająco sprawnie mową, co może prowadzić do nieuzasadnionych wniosków, iż dzieci te nie mają opinii lub że nie są one zdecydowane (Aldrerson i Morrow 2011).